Clinton chào đời với tên William Jefferson Blythe III tại Hope, tiểu bang Arkansas [3] và lớn lên tại Hot Spring, Arkansas. Clinton được đặt tên theo tên cha, William Jefferson Blythe Jr., một người chào hàng lưu động, qua đời trong một tai nạn xe hơi tại hạt Scott, tiểu bang Missouri, ba tháng trước khi con trai của ông chào đời. Mẹ ông, Virginia Dell Cassidy, tái hôn vào năm 1950 với Roger Clinton. Billy được nuôi dưỡng bởi mẹ và cha kế, sử dụng họ Clinton cho mình suốt những năm tiểu học, nhưng không chịu chính thức đổi họ cho đến năm 14 tuổi. Cậu bé lớn lên trong một gia đình truyền thống, nhưng cha kế của cậu, nghiện cả rượu và cờ bạc, thường ngược đãi mẹ cậu, và đôi khi, cả người em cùng mẹ khác cha với cậu, Roger Clinton, Jr..[4][5]

Năm 1963, xảy ra hai sự kiện khiến Clinton quyết định trở thành người của công chúng. Đó là khi cậu được chọn vào đoàn học sinh trung học đến thăm Nhà Trắng và gặp Tổng thống John F. Kennedy. Sự kiện thứ hai là khi cậu nghe bài diễn văn "Tôi có một giấc mơ" của Martin Luther King, Jr. đọc trong cuộc Tuần hành vì Tự do và Việc làm tại Washington, D.C..